Деятельность в заповеднике направлена на изучение природных комплексов с целью оценки, прогноза экологической обстановки.обеспечение соблюдения режима особой охраны на участках «Кизлярский залив» и «Сарыкумские барханы», их охранных зонах, а также в заказниках федерального значения «Аграханский», «Самурский» и «Тляратинский».